“河湖长+检察长”协作机制的建立，将密切检察机关与河（湖）长办及相关责任单位的配合沟通，充分发挥河长、湖长、检察长各自职能优势，破解河湖治理难题，更好地为自治区河（湖）长制工作从“全面建立”到“全面见效”筑牢司法保障的制度基础。
《指导意见》共明确五项机制。一是建立协同领导机制。重点围绕“五河四湖”(黄河内蒙古段、黑河、西辽河、额尔古纳河、嫩江内蒙古段和乌梁素海、居延海、呼伦湖、岱海)水资源保护和水生态环境治理，持续深化“五河四湖” 河（湖）长与检察长协作联动机制；其他地区旗县级以上河（湖）长和检察长负责组织实施本行政区域内的河湖联动治理，抓好河湖管护治理全覆盖，实现重点工作协同推进，重大案件协同督导。二是建立办案协作机制。明确河（湖）长办及相关责任单位线索移送情形，河（湖）长办、检察机关应依法办理互相移送的问题线索并反馈办理情况和处理结果；检察机关在河（湖）长办协助下做好调查取证工作，并对相关责任单位提供法律咨询等支持；推动河湖生态环境损害赔偿与检察公益诉讼衔接机制有效落实。三是建立联合工作机制。检察机关与河(湖)长办针对本地区河湖管理保护工作中的突出问题，每年共同研究选取领域开展专项整治；对案情重大复杂、社会关注度高、社会影响力大的突出问题线索，由市级以上检察机关与同级河(湖)长办联合挂牌督办；检察机关向相关责任单位提出检察建议后，由河(湖)长办督促逾期未整改或整改不到位的单位依法履职，并及时将整改情况回复检察机关。四是建立信息共享机制。在河湖保护领域重要工作部署、出台的重大政策和重大案件、事件和舆情等问题，以及处置突发性、普遍性等重大问题应及时相互通报；建立健全检察机关与河(湖)长办执法办案信息共享机制，运用现代化信息手段实现信息共享。五是建立日常联络机制。组织召开专题会议，互相通报工作开展情况，解决突出问题，共同研究制定涉及重大案件和突发舆情的处置措施；在河(湖)长办、检察机关及相关责任单位开展干部互派挂职工作；及时总结工作开展和案件办理情况，做好河湖保护主题宣传活动，充分运用新媒体“两微一端”新媒体平台，提升社会认知度和影响力，引导全社会参与河湖保护工作。
